Już od pierwszych dni walk Niemcy dopuszczali się haniebnych zbrodni na miejscowej ludności oraz na żołnierzach Wojska Polskiego, łamiąc w ten sposób postanowienia Konwencji Genewskiej. Przystąpili do systematycznej eksterminacji ludności polskiej w myśl słów Adolfa Hitlera wypowiedzianych 22 sierpnia 1939 r. podczas odprawy z wyższymi dowódcami armii w sprawie ataku na Polskę: „Zniszczenie Polski jest naszym pierwszym zadaniem. Celem musi być nie dotarcie do jakiejś oznaczonej linii, lecz zniszczenie żywej siły. […] Bądźcie bezlitośni. Bądźcie brutalni”.
Znaczna część rozstrzeliwań polskich cywilów spowodowana była tym, że wkraczające oddziały niemieckie podejrzewały ludność cywilną o udział w działaniach wojennych. Niemców uczono, iż każdy Polak jest dywersantem nieustannie organizującym zasadzki. Poszukiwano wśród cywili mężczyzn mających krótko obcięte włosy i noszących elementy wyposażenia wojskowego. Strzelano do osób próbujących uciekać na ich widok czy też wykonujących gwałtowne gesty. Według ustaleń autorki niniejszego artykułu, płeć męska stanowiła 92 proc. wszystkich ofiar żołnierzy Wehrmachtu na terenie powiatu stopnickiego. Przekonania Niemców o wszechobecnym zagrożeniu ze strony partyzantów określono w historiografii jako „partyzanckie urojenia”. W rzeczywistości we wrześniu 1939 r. nie istniała partyzantka, do której należałyby szerokie rzesze ludności polskiej.
(Źródło: DlaPolonii.pl)
Charakterystycznym działaniem żołnierzy Wehrmachtu było branie odwetu na miejscowej ludności za stawianie oporu przez oddziały Wojska Polskiego. 9 września 1939 r. w Broninie w gminie Busko-Zdrój rozegrała się największa bitwa na terenie powiatu stopnickiego. W wyniku walk stoczonych przez 22 Dywizję Piechoty Górskiej z Oddziałem Wydzielonym VII Korpusu poległo co najmniej 200 Niemców, a kilkuset zostało rannych. Działania wojenne pod Broniną nie oszczędziły mieszkańców wsi. Większość z nich schroniło się wówczas w piwnicach. 10 września 1939 r. w godzinach popołudniowych Niemcy przypędzili do wsi ok. 20 uciekinierów ze Śląska. Gdy kolumna przechodziła obok zabudowań Jana Wójcika, Niemcy wyprowadzili z podwórza czterech mężczyzn: Karcza ze Smogorzowa [imię nieustalone – K.T.K.], Władysława Pindrala oraz Jana i Józefa Wójcików. Ustawili ich na czele kolumny w pierwszej czwórce, po czym nakazano im podążać w kierunku Szczaworyża. Na skraju wsi jeden ze Ślązaków podjął udaną próbę ucieczki. Powyższe zdarzenia miały być bezpośrednią przyczyną dalszych działań żołnierzy Wehrmachtu. Rozwścieczeni bowiem Niemcy pognali mężczyzn z pierwszej czwórki do najbliższego domu, którego właścicielem był Władysław Ciepliński. Zamknęli ich w budynku, do którego wrzucili granaty. Ciężko rannemu Pindralowi udało się wydostać, jednak Niemcy zastrzelili go, gdy próbował przejść przez drewniany płot. W domu Cieplińskiego ogółem zginęło pięciu mężczyzn.
9 września 1939 r. w godzinach wieczornych Niemcy wkroczyli do wsi Prusy w gminie Stopnica. Podczas potyczki z oddziałem WP żołnierze Wehrmachtu spalili 16 zabudowań gospodarczych należących do miejscowych rolników. Mieszkańcy w obawie przed Niemcami schronili się w piwnicach, a także w kamieniołomie obok wsi, gdzie schowało się ok. 30 osób. Pierwsze oddziały niemieckie poza spaleniem wspomnianych powyżej 16 zabudowań nie czyniły krzywdy ludności. Sytuacja uległa jednak zmianie po przybyciu kolejnych Niemców. Marian Radosz relacjonował: „Gdy Niemcy weszli, jeden z oficerów niemieckich powiedział, że należy nas obrzucić granatami i wymordować. Powiedział on to do swoich żołnierzy. Był też drugi oficer niemiecki. Ja miałem wówczas około 12 lat, lecz dokładnie pamiętam przebieg wydarzeń. Ten drugi oficer powiedział, żeby wyprowadzić samych mężczyzn i rozstrzelać”. Żołnierze Wehrmachtu zamordowali wówczas 11 osób.
Liczne ofiary oraz szkody materialne były efektem niemieckich nalotów bombowych. Luftwaffe atakowała dworce, lotniska, ciągi komunikacyjne oraz niezwykle istotne mosty i przeprawy na Wiśle, by w ten sposób uniemożliwić polskim wojskom przegrupowanie i zorganizowanie planowej obrony po wschodniej stronie rzeki. Niemieckie samoloty ostrzeliwały i bombardowały również tereny wiejskie, zabijając pojedyncze osoby i niszcząc mienie. Przed wojskami niemieckimi uchodziły rzesze ludności cywilnej, które kierowały się w stronę Szczucina, gdzie znajdował się most na Wiśle. Uciekinierzy rozgłaszali wieści, że żołnierze Wehrmachtu mordują młodych mężczyzn.
W następstwie tych pogłosek dołączała do nich również okoliczna ludność. Wśród nich znajdowali się m.in. mieszkańcy Biechowa: Stanisław Matus, Jan Nutowicz czy Stanisław Szczygłowski. Na temat zbrodni dokonanych w Ratajach Karskich powstały liczne hipotezy. Według jednej z nich, w momencie przybycia uchodźców do powyższej wsi (6 lub 7 września 1939 r.) dotarła do nich wiadomość o zniszczeniu mostu w Szczucinie. Ludność zaczęła się gromadzić na drodze oraz polach obok młyna Antoniego Kosińskiego. Wówczas nadleciały samoloty Luftwaffe, z których ich ostrzelano. Śmierć poniosło wówczas osiem osób, wśród których znajdowali się dwaj mieszkańcy Biechowa – Stanisław Matus i 16-letni Jan Nutowicz – oraz ksiądz, którego nazwiska nie udało się ustalić. Inna teoria mówi, że osiem wspomnianych powyżej osób zamordowano w następstwie walk Wehrmachtu i WP.
Powszechnym zjawiskiem towarzyszącym przemarszowi wojsk niemieckich było masowe terroryzowanie mieszkańców i łamanie oporu ludności poprzez zabieranie zakładników, których życie miało być zabezpieczeniem poczynań okupanta. W Pińczowie miejscową ludność i uciekinierów Niemcy spędzili do kościoła, a także na teren przykościelnego cmentarza. Trzymano ich pod nadzorem bez żywności i napojów przez dwa dni. Po tym czasie jeden z oficerów niemieckich stwierdził, że daruje im życie pod warunkiem zachowania lojalności wobec III Rzeszy. Wpierw zwolniono kobiety i dzieci, a następnie mężczyzn. Większość z nich po powrocie zastała spalone domy. Zofia Janda po wojnie zeznawała przed Okręgową Komisją Badania Zbrodni Hitlerowskich w Kielcach: „(…) Po zwolnieniu nas przez Niemców zastaliśmy spalony nasz dom z całym dobytkiem. Rodzina nasza pozostała bez żadnych środków do życia. Przez kilkanaście dni mieszkaliśmy w ogrodzie (…)”.
We wrześniu 1939 r. Niemcy dokonywali również licznych zbrodni na żołnierzach WP. Rozgoryczenie żołnierzy Wehrmachtu budziła taktyka przeciwnika, gdy polscy wojskowi zamiast stanąć do otwartej bitwy woleli bronić się w lasach lub w domach. W odczuciu Niemców był to podstępny sposób walki, wynikający z rzekomej „niższości Słowian”.
8 lub 9 września 1939 r. na pograniczu Buska-Zdroju i Łagiewnik, na tzw. Zimnych Wodach niemiecki samolot rozpoznawczy typu „Storch” otworzył ogień do kawalerzysty. Został on pochowany na cmentarzu parafialnym w Busku-Zdroju.
12 września 1939 r. żołnierze Wehrmachtu po raz kolejny złamali Konwencję Genewską, zabijając wieczorem 8 września 1939 r. w Wiślicy na łąkach zwanych „Browarem” siedmiu żołnierzy WP, którzy trafili do niewoli. Najprawdopodobniej pochodzili oni z rejonu Nowego Sącza, o czym świadczyć mogły znalezione przy nich dokumenty. W następstwie walk w Wiślicy i okolicach do niewoli trafiło 200 żołnierzy WP, których osadzono w miejscowym kościele parafialnym, a następnie wywieziono w kierunku Kazimierzy Wielkiej. Jednego z nich, kpr. Jana Pietruszkę zastrzelono 17 września 1939 r. tylko dlatego, że zbyt ociężale podniósł się z ławki kościelnej.
Niemcy dokonali również licznych zbrodni na ludności żydowskiej. 4 września 1939 r. zastrzelili w Chmielniku dwóch Żydów, zaś w nocy z 4 na 5 września 1939 r. 14 osób narodowości żydowskiej. W pierwszych dniach września 1939 r. w miasteczku powieszono czterech Żydów: „Jak Niemcy wkroczyli do Chmielnika, to od razu zabili czterech Żydów, powiesili ich na belce w bramie domu, obok szpitala. Nie wolno było ich zdjąć”. 7 i 8 września 1939 r. w Pińczowie żołnierze Wehrmachtu rozstrzelali około 50 osób, zarówno Polaków, jak i Żydów. Wśród nich znajdował się właściciel sklepu galanteryjnego – Gryngras Majloch. Śmierć poniósł również Żyd Cymerman: „Byłam obecna w Pińczowie w dniach 7 i 8 września 1939 r., widziałam, jak Niemcy rozstrzeliwali Żydów. Widziałem na przykład rozstrzelanego Żyda Grangrasa [właśc. Gryngrasa – K. T-K] i Cymermana. Pierwszego z nich rozstrzelano obok dawnej poczty, drugiego obok parku w rynku”.
Na terenie powiatu stopnickiego we wrześniu 1939 r. rozstrzelano 170–171 osób, zaś na terenie Pińczowa co najmniej kilkadziesiąt osób. W pierwszym przypadku powyższe dane tyczą się tylko i wyłącznie osób, których personalia udało się ustalić. Można założyć, że skala zbrodni była wyższa. Wart podkreślenia jest również fakt, że przytoczone dane liczbowe dotyczą tylko dwóch powiatów: stopnickiego i pińczowskiego. Można tylko przypuszczać jak wielkie straty osobowe ponieśli mieszkańcy całej Polski już we wrześniu 1939 r.
