W obozie Stutthof, przez cały okres jego funkcjonowania, dochodziło do rozmaitych eksperymentów pseudomedycznych dokonywanych na więźniach. Czyny te kwalifikuje się jako zbrodnie przeciwko ludzkości polegające na przeprowadzaniu eksperymentów medycznych, których skutkiem były śmierć, ciężki uszczerbek na zdrowiu lub inne uszkodzenie ciała osób poddawanych tym zabiegom.
Wśród doświadczeń medycznych przeprowadzanych przez niemieckich lekarzy w obozach koncentracyjnych do dziś istnieje wiele takich, które można zaliczyć do kategorii eksperymentów pseudomedycznych. Rzekomym celem prowadzenia tych doświadczeń medycznych był postęp medycyny, który miał służyć ratowaniu, przedłużaniu życia i poprawie zdrowia ludzkiego. Te prowadzone w nazistowskich obozach koncentracyjnych cechowała bezprawność, która ujawniała się przede wszystkim w wykonywaniu tych zabiegów bez zgody osób lub nawet mimo sprzeciwu, w torturach badanych, które często doprowadzały do śmierci. Zbrodnicze doświadczenia szerokim zasięgiem obejmowały liczne specjalizacje medyczne, m.in.: chirurgię, internę, choroby zakaźne, rentgenologię, ginekologię, psychiatrię, anatomię, anatomię patologiczną, onkologię, immunologię, serologię, bakteriologię, patologię, higienę, genetykę, farmakologię, toksykologię.
„Materiał ludzki” był dla wielu lekarzy niemieckich doskonałym materiałem badawczym, gdyż studentów medycyny szkolono nie tylko na uczelniach. Część pseudoeksperymentów medycznych z udziałem lekarzy III Rzeszy rozpoczęto już przed wojną. Pierwsze próby nad reakcją organizmu ludzkiego na oziębienie przeprowadzano w Niemczech w październiku i listopadzie 1938 r. w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen. Eksperymenty te miały na celu zbadanie wytrzymałości człowieka na zimno w przypadku zatonięcia statku lub skoku ze spadochronem z samolotu do morza. Jedne z pierwszych badań w tym zakresie przeprowadzano w obozie koncentracyjnym Dachau.
Podobne eksperymenty z oziębieniem organizmu z wykorzystaniem zimnej wody prowadzone były w położonym niedaleko Gdańska obozie koncentracyjnym Stutthof. Badania te nadzorował lekarz garnizonu Stutthof SS-Obersturmführer Otto Heidl. Sprawa ta po raz pierwszy znalazła swój wydźwięk w toku śledztwa Prokuratury Krajowej w Mannheim w sprawie Emanuela Biera. W czasie II wojny światowej był on studentem wojskowego kursu lekarskiego w Instytucie Anatomii Akademii Medycznej w Gdańsku pod kierownictwem prof. Rudolfa Spannera. Za pośrednictwem Zentrale Stelle w Ludwigsburgu prokuratura niemiecka zwróciła się do Głównej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich o zebranie i nadesłanie materiału dowodowego w sprawie Emanuela Biera, podejrzanego o dokonywanie na terenie gdańskiej Akademii Medycznej przestępstw o charakterze kryminalnym, tj. udziału w pseudomedycznych eksperymentach na więźniach obozu Stutthof.
W toku przesłuchania przeprowadzonego 17 stycznia 1959 r. przez Prezydium Policji Kryminalnej w Mannheim zeznał on: „W czasie tego semestru [1942] pracowałem w anatomicznym instytucie w Gdańsku pod profesorem Spannerem, gdzie przeprowadzane były próby zimna na martwych więźniach obozu koncentracyjnego w Stutthofie. Otrzymywaliśmy tam preparaty i ocenialiśmy zmiany komórek”. Materiał dowodowy znajdujący się w aktach niemieckich nie potwierdził udziału Emanuela Biera w eksperymentach prowadzonych na więźniach obozu Stutthof. Postępowanie przeciwko niemu zostało umorzone 31 sierpnia1959 r. wobec stwierdzenia „braku jakichkolwiek informacji dotyczących tego, że pomiędzy obozem koncentracyjnym a Akademią Medyczną w Gdańsku istniało jakiekolwiek powiązanie, tak samo jak tego, że w tym obozie koncentracyjnym dokonywano na więźniach prób zimna”.
Nie była to jednak jedyna sprawa dotycząca eksperymentu z tego zakresu. Inną kategorią przestępstw kwalifikowanych jako eksperymenty pseudomedyczne było podawanie śmiercionośnych zastrzyków w KL Stutthof. Sprawę z tej kategorii prowadził w latach osiemdziesiątych Oddział Centralny Kraju Nadrenia Północna-Westfalia do spraw badania hitlerowskich masowych przestępstw popełnionych w obozach koncentracyjnych przy prokuraturze w Kolonii. Ustalono, że ofiary typowano głównie w obozach dla mężczyzn lub kobiet oraz w izbie chorych. Zabójstwa osób niezdolnych do pracy opierały się na narodowosocjalistycznej ideologii „życia niewartego życia”, która znalazła swoje odzwierciedlenie m.in. w rozkazie z 12 listopada 1941 r. dotyczącym akcji oznaczonej kryptonimem 14 F13.
Na podstawie kolejnego rozkazu Wydziału D przy Głównym Urzędzie Ekonomicznym i Administracyjnym SS z 27 kwietnia 1943 r. zabijani mieli być już tylko więźniowie chorzy psychicznie, których w szpitalach poszczególnych obozów koncentracyjnych wyszukiwała komisja lekarska. W postępowaniu dowodowym przeprowadzonym przez stronę niemiecką nie odnaleziono dowodów na wizytę wspomnianej komisji w KL Stutthof. Lekarz obozowy Otto Heidl zeznał na tę okoliczność, że wspomniany rozkaz 14 F13 w KL Stutthof obowiązywał jedynie w przypadku osób bardzo chorych. Wybór ofiar i rodzaj śmierci pozostawiano decyzji lekarza obozowego. Stwierdzono natomiast, iż w KL Stutthof uśmiercano (usypiano) więźniów np. zastrzykami z benzyny, o czym zeznawało wielu byłych więźniów. Na tej podstawie Prokuratura w Tybindze, w wydanym w 1963 r. wyroku uznała, iż w obozie popełnione zostały morderstwa na przynajmniej czterdziestu ofiarach poprzez podanie im zastrzyków z benzyny. Za zbrodnię tę odpowiedzialnością obarczyła Willego Knotta. W jego przesłuchaniach na tę okoliczność wskazała wielu współsprawców. Sam Knott twierdził, iż widział, jak pewnego dnia poprzednik dr. Heidla, pewien SS-Obersturmführer, wyjął z szafy skrzynkę ze strzykawką i sprowadził do swojego pokoju w szpitalu więźniarkę i więźnia. Po pewnym czasie oznajmił, że tę kobietę należy zanieść do kostnicy. Kilka dni później to samo stało się ze wspomnianym więźniem. Z tych okoliczności Haupt wywnioskował, że lekarz zabił tych dwoje więźniów, podając im zastrzyki. W końcu sierpnia 1942 r. uczestniczący w wizytacji w izbie chorych komendant obozu Max Pauly zarzucał lekarzom, że wciąż jeszcze leżą tam bardzo chorzy więźniowie. Po tych wizytach ustalono, że ciężko chorym należy pomóc, podając im zastrzyki z morfiny.
Analiza wyroków wydanych przez sądy niemieckie w latach pięćdziesiątych wskazuje jednoznacznie na to, iż kary orzeczone wobec tych osób były drastycznie niskie. Stosunek niemieckich sędziów orzekających w tych sprawach do czynów sprawców można streścić tak, jak to podano w uzasadnieniu jednego z wyroków: sprawcy i tak odczuwali poczucie winy, a ponieważ niemożliwe jest, żeby znów wystąpiła taka sytuacja, jak w czasie wojny więc oskarżony nie popełni więcej takiego przestępstwa. Przytaczano wręcz przysłowie: „co się stało to się nie odstanie”.
Reasumując, w obozie Stutthof, przez cały okres jego funkcjonowania, dochodziło do rozmaitych eksperymentów pseudomedycznych dokonywanych na więźniach. Czyny te kwalifikuje się jako zbrodnie przeciwko ludzkości polegające na przeprowadzaniu eksperymentów medycznych, których skutkiem były śmierć, ciężki uszczerbek na zdrowiu lub inne uszkodzenie ciała osób poddawanych tym zabiegom. Dodatkowo były one niewątpliwie formą represji wobec osób pokrzywdzonych, stanowiącą poważne prześladowania tych osób z powodu ich przynależności do grupy narodowościowej, społecznej i politycznej uznanej za wrogą państwu niemieckiemu.