Decyzja o budowie zamku w Malborku zapadła w 1280 roku po upadku Prus Wschodnich. Powstało wówczas państwo kościelne a jego przełożeni postanowili zbudować nową siedzibę dla swojego zwierzchnika. Sankt Marienburg, bo tak nazwano warownię, od samego początku miała być najwspanialszym i najbardziej okazałym gmachem ówczesnej Europy. 30 lat później wiedziano już, że zarówno położenie zamku nad rzeką Nogat, jak i znaczenie tej monumentalnej budowli było tak duże, że zamieszkał w niej ówczesny mistrz Zakonu Siegfried von Feuchtwangen i jeszcze przez ponad sto lat mieszkali jego następcy.
Krzyżacy zadbali, by ich najważniejsza siedziba była miejscem nie do zdobycia. Twierdzę otoczyły specjalne umocnienia a system obronny połączono z murami miejskimi. Monumentalny gmach otaczały głębokie fosy, dobudowano obronne wieże. Z czasem dawne podzamcze stało się Zamkiem Średnim, gdzie przyjmowano i goszczono przyjezdnych a twierdzą nie do zdobycia został Zamek Wysoki. Końcem XIV wieku rozbudowano trzecią część zamku, Zamek Niski, gdzie znalazły się magazyny, zbrojownie i wozownie a także spichlerz. Jak oszacowano, na budowę i rozbudowę krzyżackiej siedziby zużyto 30 mln cegieł. Zabudowania i umocnienia obejmują 18 hektarów (44.5 akra) ziemi.
Bitwa pod Grunwaldem i późniejsze oblężenie twierdzy przez wojska polsko-litewskie pod wodzą króla Władysława Jagiełły nie były jedynym znaczącym wydarzeniem w dalszej historii tego miejsca. W 1457 roku w trakcie wojny trzynastoletniej zamek w Malborku zajęły wojska polskie. Uroczyście wjechał wówczas na zamek król Kazimierz Jagiellończyk i od tej pory przez ponad 300 lat zamek pozostawał w Królestwie Polskim. Choć nad Malborkiem oficjalnie powiewała chorągiew Królestwa Polskiego, na co dzień mieszkał tam starosta malborski, który zarządzał Żuławami. Było tam także więzienie.
Nie były to spokojne czasy. W 1626 roku Malbork oblegały wojska szwedzkie i po zaciętej walce zdobyły go, doceniając odwagę i determinację obrońców, których puszczono wolno. Szwedzi pozostali w Malborku przez kilka lat, zniszczyli go i złupili. W 1635 roku po rozejmie ze Szwedami zamek wrócił w polskie ręce. Dekadę później ogromny pożar na Zamku Wysokim strawił jego dach. Niedługo później ponownie szturmowały go wojska szwedzkie. Zniszczony działaniami wojennymi i pożarem dach udało się naprawić dopiero w połowie XVIII wieku.
Po I rozbiorze Polski w 1772 roku w twierdzy malborskiej osiedliły się wojska pruskie a miasto weszło w skład Prus Zachodnich. Dokonano wówczas ogromnej przebudowy zamku na potrzeby koszar. W kolejnych latach Niemcy postanowili odbudować zamek w jego gotyckim stylu. Odbudowano tak Zamek Wysoki i częściowo Średni i Niski, zorganizowano tam także muzeum. Niemcy zarządzali Malborkiem do czasów III Rzeszy.
W czasie II wojny światowej największych zniszczeń dokonała Armia Czerwona w 1945 roku. Wcześniej działania wojenne omijały to miejsce. Dopiero nadejście drugiego frontu białoruskiego doprowadziło do trwających dwa miesiące walk w wyniku których ponad połowa zabytkowej substancji zamkowej została doszczętnie zniszczona. Jako ruina zamek wrócił do Polski po zakończeniu wojny.
Po wyzwoleniu, w ocalałej części zabudowań zamkowych powstało Muzeum Wojska Polskiego a na początku lat 60. ruszyła odbudowa i rekonstrukcja zamku na podstawie starych obrazów i rycin. Od tego czasu działa także Muzeum Zamkowe w Malborku, które nadzoruje te prace. Ich efekt okazał się tak spektakularny, że w 1997 roku zamek w Malborku trafił na listę światowego dziedzictwa UNESCO. Od tamtej pory dawna krzyżacka siedziba jest miejscem obowiązkowych wycieczek szkolnych, bardzo chętnie przybywają tak też turyści z całego świata.
Muzeum Zamkowe w Malborku stara się urozmaicić zwiedzanie i przystosować się do potrzeb zwiedzających w różnym wieku, mających różnorodne zainteresowania. Zobaczymy tam wiele ciekawych wystaw, np. bursztynu, ceramiki, numizmatów, militariów czy malarstwa, organizowane jest zwiedzanie nocne, spektakle „Światło i Dźwięk”. Dla najmłodszych opracowano wiele gier historycznych, lekcje muzealne, konkursy i warsztaty. Raz w roku odbywa się także inscenizacja Oblężenie Malborka przygotowywana przez grupy rekonstruktorskie.